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真空冷凍干燥機的冷凍干燥是指通過升華從凍結的生物產品中去除水分或其他溶劑的過程。升華指的是溶劑, 比如水, 像干冰一樣, 不經過液態, 從固態直接變為氣態的過程。真空冷凍干燥機冷凍干燥得到的產物稱作凍干物, 真空冷凍干燥機該過程稱作凍干。傳統的干燥會引起材料皺縮, 破壞細胞。在冰凍干燥過程中樣品的結構不會被破壞, 因為固體成份被在其位置上的堅冰支持著。在冰升華時, 它會留下孔隙在干燥的剩余物質里。這樣就保留了產品的生物和化學結構及其活性的完整性。在實驗室中, 凍干有很多不同的用途, 它在許多生物化學與制藥應用中是不可缺少的。真空冷凍干燥機被用來獲得可長時期保存的生物材料, 例如微生物培養、酶、血液、與藥品, 除長期保存的穩定性以外, 還保留了其固有的生物活性與結構。為此, 凍干被用于準備用做結構研究(例如電鏡研究)的組織樣品。真空冷凍干燥機也應用于化學分析中, 它能得到干燥態的樣品, 或者濃縮樣品以增加分析敏感度。凍干使樣品成分穩定, 也不需改變化學組成, 是理想的分析輔助手段。冷凍干燥可以自然發生。在自然情況下, 這一過程緩慢而且不可預測。通過真空冷凍干燥機系統, 人們改進、細分了很多步驟, 加速了這一過程。